Dr. Martin Hölzer

Mitbegründer und Co-Geschäftsführer der nanozoo GmbH, Leipzig, Deutschland. nanozoo wurde Mitte 2009 gegründet und ist ein Bioinformatik-Unternehmen, das End-to-End-Dienstleistungen für die Produktion und Analyse von mikrobiellen Daten anbietet. nanozoo hat sich zum Ziel gesetzt, Barrieren in der bioinformatischen Datenanalyse zu beseitigen, um einer breiten Masse von Forschern aktuelle Standards und Analysen zur Verfügung zu stellen.

Betreuung von Next-Generation-Sequencing (NGS)-Projekten einschließlich der Automatisierung von Arbeitsabläufen für Assemblierung, Annotation, Variantendetektion, differentielle Genexpression, Metagenomik und Visualisierung der Ergebnisse. Entwicklung neuartiger Anwendungen für long-read Sequenzierungsdaten. Leitung einer assoziierten und im Aufbau befindlichen Bioinformatik-Gruppe an der Universität Jena (hoelzer-lab.github.io).

Ich arbeite in der Forschungsgruppe von Dr. Rob Finn in den Bereichen long-read-Metagenomik und Virus-Detektion aus Grundwasserproben mit Hilfe von Sequenzierdaten welche durch Oxford Nanopore Technologies generiert wurden.

Management von Sequenzier-Projekten (experimentelles Design, Auswahl geeigneter Parameter. Datenanalyse). Entwicklung von Pipelines für bioinformatische Analysen. Untersuchung von (meta-)genomischen/transkriptomischen Daten mit besonderem Fokus auf de novo Assemblierung, Annotation und Identifizierung von differentiell exprimierten Genen. Betreuung von studentischen Projekten/Abschlussarbeiten. Lehrverantwortung und eigenständige Durchführung von Praktika mit Fokus biologische Datenanalyse.